Nacido en Huaycama (departamento de Valle Viejo, Catamarca), estanciero en Guandacol (La Rioja), combatió en la Coalición del Norte y bajo las órdenes de Peñaloza e intervino junto a éste en las sublevaciones de 1862 y 1863. Al percibir la impopularidad de la guerra del Paraguay, se fue a Chile.

Cuando leyó el texto del tratado secreto de la Triple Alianza, Varela, indignado, vendió su estancia, compró armas, equipó unos cuantos exiliados argentinos y atravesó los Andes con dos batallones formados por chilenos y algunos emigrados argentinos dispuestos a enfrentar al gobierno de Mitre.

Llevaba una bandera con las consignas "¡Federación o Muerte! ¡Viva la Unión Americana! ¡Viva el ilustre Capitán General Urquiza! ¡Abajo los negreros traidores a la Patria!" Llegó a Jáchal y desde allí lanzó su proclama revolucionaria, fechada el 10 de diciembre de 1866:

¡Argentinos! El pabellón de mayo que radiante de gloria flameó victorioso desde los Andes hasta Ayacucho, y que en la desgraciada jornada de Pavón cayó fatalmente en las ineptas y febrinas manos del caudillo Mitre, ha sido cobardemente arrastrado por los fangales de Estero Bellaco, Tuyutí, Curuzú y Curupayty. Nuestra Nación, tan feliz en antecedentes, tan grande en poder, tan rica en porvenir, tan engalanada en glorias, ha sido humillada como una esclava, quedando empeñada en más de cien millones y comprometido su alto nombre a la vez que sus grandes destinos por el bárbaro capricho de aquel mismo porteño, que después de la derrota de Cepeda lagrimeando juró respetarla.

Tal es el odio que aquellos fratricidas porteños tienen a los provincianos, que muchos de nuestros pueblos han sido desolados, saqueados y asesinados por los aleves puñales de los degolladores de oficio: Sarmiento, Sandes, Paunero, Campos, Irrazával y otros varios dignos de Mitre.

¡Basta de víctimas inmoladas al capricho de mandones sin ley, sin corazón, sin conciencia! ¡Cincuenta mil víctimas inmoladas sin causa justificable dan testimonio flagrante de la triste e insoportable situación que atravesamos y que es tiempo de contener!

¡Abajo los infractores de la ley! ¡Abajo los traidores de la Patria! ¡Abajo los mercaderes de las cruces de Uruguayana, a precio de oro, de lágrimas y de sangre argentina y oriental!

Nuestro programa es la práctica estricta de la constitución jurada, del orden común, la paz y la amistad con el Paraguay, y la unión con las demás repúblicas americanas.

¡Compatriotas nacionalistas! El campo de la lid nos mostrará el enemigo. Allí los invita a recoger los laureles del triunfo o la muerte, vuestro jefe y amigo. Felipe Varela.

Vale citar, asimismo, la óptica que Varela tenía respecto de la guerra del Paraguay, explicitada en un manifiesto proclamado por él mismo el 1º de enero de 1868, en el que afirmaba lo siguiente: "En efecto, la guerra con el Paraguay era un acontecimiento ya calculado, premeditado por el general Mitre". Varela señalaba que la “política injustificable” de Mitre había sido conocida en el Parlamento británico por la correspondencia del ministro inglés en Buenos Aires y citaba textualmente la expresiones de éste: “El Ministro Elizalde, que cuenta como cuarenta años de edad, me ha dicho que espera vivir lo bastante para ver a Bolivia, Paraguay y la República Argentina, unidos formando una República en el continente”. Según Varela, éstas habían sido las aspiraciones del general Mitre y los objetivos de su política, desde que había entregado al dominio del Imperio la vecina República del Uruguay.

Mientras Varela esperaba el tantas veces anunciado y tantas postergado "pronunciamiento" de Urquiza, había acampado en Jáchal y de los 200 integrantes de su pequeña montonera original proveniente de Chile había llegado en marzo de 1867 a un "ejército" de 4000 hombres, al incorporar cientos de gauchos de San Juan, La Rioja, Catamarca, incluso de Tucumán y Santiago del Estero.

Las montoneras de Varela sufrieron las derrotas de las fuerzas mitristas en San Ignacio y Pozo de Vargas (1º y 10 de abril de 1867), pero el Quijote de los Andes repuso sus fuerzas y tomó la ciudad de Salta en octubre de dicho año, con el objetivo de aprovisionarse de cañones y armas. En noviembre las fuerzas de Varela llegaban a la frontera con Bolivia, culminando el primer capítulo de la montonera.

El segundo capítulo se inició con el fusilamiento del caudillo riojano Aurelio Zalazar, conductor también de montoneras. Varela, indignado, se lanzó nuevamente a la guerra contra el orden mitrista durante la Navidad de 1868. Fue definitivamente derrotado el 12 de enero de 1869 en Pastos Grandes. Con la derrota de Varela se cerró el último capítulo de la lucha contra el sistema económico liberal -y contra el orden mitrista, la cara política de dicho sistema- en el Interior.

Ya enfermo, regresó al exilio chileno por última vez. Murió allí, el 4 de Junio de 1870.

Felipe Varela fue el último de los montoneros.